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Seit Version 1.5 wird das Programm syslinux zum Booten verwendet. Dieses hat den Vorteil, dass ein DOS-kompatibles Dateisystem auf dem Datenträger zur Verfügung steht.
Der Boot-Datenträger enthält folgende Dateien:
| ldlinux.sys | der Urlader ("`Boot loader"') syslinux |
| syslinux.cfg | Konfigurationsdatei für syslinux |
| kernel | Linux-Kernel |
| rootfs.img | RootFS: enthält zum Booten nötige Programme |
| opt.img | Optionale Dateien: Treiber und Pakete |
| rc.cfg | Konfigurationsdatei mit den benutzten Variablen aus den Dateien des Konfigurationsverzeichnisses |
| boot.msg | Texte für das syslinux-Bootmenü |
| boot_s.msg | Texte für das syslinux-Bootmenü |
| boot_z.msg | Texte für das syslinux-Bootmenü |
| hd.cfg | Konfigurationsdatei zur Zuordnung der Partitionen |
Durch das Skript mkfli4l.sh (bzw. mkfli4l.bat) werden zunächst die Dateien opt.img, syslinux.cfg und rc.cfg sowie das rootfs.img erzeugt. Die dafür nötigen Dateien ermittelt das Programm mkfli4l (im unix- bzw. windows-Unterverzeichnis). In den beiden Archiven sind die benötigten Kernel- und andere Pakete enthalten. Die Datei rc.cfg befindet sich sowohl im Opt-Archiv als auch auf dem Boot-Datenträger.8.12
Anschließend werden die Dateien kernel, rootfs.img, opt.img und rc.cfg zusammen mit den syslinux-Dateien auf den Datenträger kopiert.
Beim Booten von fli4l wird über das Skript /etc/rc die rc.cfg ausgewertet und das komprimierte opt.img-Archiv in die RootFS-RAM-Disk integriert (je nach Installationstyp werden dabei die Dateien direkt in die RootFS-RAM-Disk entpackt oder über symbolische Verknüpfungen eingebunden). Danach werden die Skripte in /etc/rc.d/ in alphanumerischer Reihenfolge ausgeführt und somit die Treiber geladen und die Dienste gestartet.